Fort 48a "Mistrzejowice" został zbudowany w latach 1895 - 1896 na północnym froncie Twierdzy Kraków, na wzgórzu ponad doliną Dłubni. Autorem projektu był Emil Gołogórski - absolwent Wojskowej Akademii Inżynierii.
To on wyznaczył standard małego, międzypolowego fortu pancernego, powielanego później w wielu odmianach. Pierwszym z nich był Fort 44a Pękowice. Na jego wzór zbudowano forty: 45a Bibice i 48a Mistrzejowice.

Fort powstał ok. 2 km na wschód od starszego fortu 48 Batowice i wraz z sąsiadującym przez dolinę Dłubni fortem 49a miał za zadanie zamknąć otwartą przestrzeń międzypola od fortu 48 do fortu 49.
Jako uzbrojenie podstawowe posiadał 4 stalowe wieże pancerne M.94 z armatami 8 cm. Zachował się blok piętrowych koszar szyjowych, wewnątrz zniszczony strop między kondygnacjami. Z wału koszar widać zarys fosy, broniony stok spłaszczony oraz rozległy widok na przedpole.

Fort ten mógł ogniem artyleryjskim wspierać walki obronne na przedpolach twierdzy, toczące się w listopadzie 1914 r. Później nie był użyty bojowo; jego rola - jak i innych dzieł twierdzy - została ograniczona do funkcji magazynowych. W pół wieku po wybudowaniu fortu odstrzelono ładunkami wybuchowymi wieże pancerne i wraz z innymi stalowymi elementami wyposażenia oddano je na złom. Od tej pory brak użytkownika i naturalna destrukcja są główną przyczyną obecnego stanu zniszczenia fortu.